荧光显微镜的出现是为了弥补一般光学显微镜的缺陷，即难以将特定的目标物从背景中区分出来。医院病理科的日常工作之一就是读片子，非常依赖经验。因为即使某种病原标记物已经经过了标识，在显微镜下仍然难以辨识。而荧光标识只在特定波长的光源激发下才会发光，而且发出的光也具有特定的波长。多个标识可以依次成像，背景极低，互相干扰也低，所以在科研和医疗中广泛应用。
荧光显微镜是荧光显微检测的专用工具,它是光学显微镜的一种。它除了具有光学显微镜的基本结构和光学放大作用外,基于荧光的特性,还具备以下*的功能要求:
(1)提供足够能量的能激发出荧光的光源。
(2)有着适应不同物质所需的激发光谱一组滤色片,从光源中选择合适的激发光谱,使析出的光谱与该物质的吸收光谱重合,以期望获得最大的荧光。
(3)为获得较弱的荧光图像,还要建立一套截止滤色片,它使所需观察的荧光进入系统成像,而将其余的光波,包括发射光阻挡在外,用来提高图像的衬度。
(4)放大的光学系统应适应荧光的特性,最终获得既能观察又能摄影的高亮度、高分辨力的良好衬度的荧光图像。
(5)仪器的安全性。应用汞灯要防止紫外线的泄漏和汞灯的爆炸,保证电器安全。
其实荧光显微镜是利用特定波长的光照射被检物体产生荧光进行镜检的显微光学观测技术，已有100多年历史。近年来，由于免疫荧光在医学研究、诊断领域里的广泛应用，FISH、绿色荧光蛋白(GFP)技术分别在基因组学、蛋白质组学研究方面的推广，显微照相、数字CCD成像技术的辅助驱动，赋予这一传统技术更新的应用价值和生命力。
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